抱持著幫助他人而化身魔法少女，與此同時(shí)卻必須背負(fù)著殘酷的命運(yùn)。在接二連三的戰(zhàn)斗中，善良的美樹沙耶加（喜多村英梨 配音）徹底耗盡自己的生命。當(dāng)她的尸體被曉美焰（齋藤千和 配音）和佐倉(cāng)杏子（野中藍(lán) 配音）帶回時(shí)，令她的好友鹿目圓（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲傷與痛苦。而從丘比（加藤英美里 配音）那里聽說(shuō)到魔法少女的宿命之說(shuō)，不禁讓她受到前所未有的觸動(dòng)。在杏子的建議下，小圓決定救助沙耶加，而她們即將與最強(qiáng)的魔女之夜（水橋香織 配音）碰面。有關(guān)魔女的前途與生命，她們走上一條兇險(xiǎn)非常的道路……
　　本片為魔法少女的劇場(chǎng)版，分三部上映，由TV版12話重新編集而成。