將施奈德回老家之后，四只原本親如兄弟的神龜由于沒有了敵人，于是不再想以往一樣一起戰(zhàn)斗，而是各自在喜歡的領(lǐng)域內(nèi)鉆研，以往一起行動(dòng)的忍者神龜們變成了四個(gè)獨(dú)來獨(dú)往的“獨(dú)行俠”！
　　這時(shí)，紐約市中發(fā)生一連竄的怪事。原來實(shí)業(yè)家馬克西米林安?J?威特斯意圖征服紐約市，秘密培養(yǎng)了一支遠(yuǎn)古怪獸組成的軍隊(duì)，加上惡名昭彰的忍者組織Foot Clan，各種黑暗勢(shì)力又在城市的角落里蠢蠢欲動(dòng)！
　　神龜們又處于備戰(zhàn)狀態(tài)了！他們?cè)俅温?lián)合起來，準(zhǔn)備向黑暗勢(shì)力出擊！